Çocuklarda kök hücre nakli bazı durumlarda uygulanır.
Kan kanserleri (akut lenfoblastik lösemi, akut myeloid lösemi), kemik iliğindeki kan üretiminin kalıcı olarak durdurduğu hastalıklar (aplastik anemi), Akdeniz anemisi (talasemi), bağışıklık sisteminin doğuştan çalışmadığı hastalıklar (immün yetmezlikler), depo hasthalıkları, nöroblastom, lenf bezi kanserleri (lenfomalar) gibi çocukluk çağında çocuklarımızın yaşamını ciddi olarak tehdit eden hastalıklarda belirli risk sınıflamalarına dayanılarak uygulanmaktadır.